Le conseil d’administration, présidé par le Chef du gouvernement ou l’autorité gouvernementale déléguée par lui à cet effet, se compose , en plus des représentants d’Etat :
- du secrétaire perpétuel de l’Académie Hassan II des sciences et des techniques ou son représentant ;
- du président de la commission nationale de coordination de l’enseignement supérieur ou son représentant ;
- du président du Conseil supérieur de l’éducation, de la formation et de la recherche scientifique ou son représentant ;
- d’un représentant des établissements ne relevant pas des Universités ;
- d’un représentant de l’enseignement supérieur privé ;
- de deux anciens présidents d’Université relevant de l’enseignement supérieur public ;
- de quatre membres connus pour leur compétence scientifique et technique ;
- d’un représentant élu par et parmi le personnel de l’Agence.
Le président du conseil d’administration peut inviter aux réunions du conseil, à titre consultatif, toute personne physique ou morale des secteurs public ou privé, dont la présence est jugée utile et chaque fois qu’il est nécessaire.