تناط بالوكالة مهمة القيام لحساب الدولة بعمليات تقييم التعليم العالي والبحث العلمي من أجل ضمان الجودة. ولهذه الغاية تضطلع الوكالة بما يلي:
- تقييم مؤسسات التعليم العالي العام والتعليم العالي الخاص ومؤسسات البحث العلمي، مع الأخذ بعين الاعتبار خصوصية كل مؤسسة، ولا سيما مشاريعها البيداغوجية والعلمية؛
- دراسة وتقييم مسالك التكوين قصد الحصول على الاعتماد أو تجديده؛
- تقييم أنشطة مراكز الدراسات في الدكتوراه وإعداد حصيلة تكوينات وأعمال البحث المنجزة بها؛
- تقييم البحث العلمي وفعالية بنياته؛
- تقييم برامج ومشاريع التعاون الجامعي في ميدان التكوين والبحث العلمي.
كما يمكن أن تقوم الوكالة، في حدود اختصاصاتها، بإنجاز التقييم بطلب من:
- القطاعات الوزارية التي من بين اهتماماتها التعليم العالي أو البحث العلمي أو تكوين الأطر؛
- المجلس الأعلى للتربية والتكوين والبحث العلمي؛
- أكاديمية الحسن الثاني للعلوم والتقنيات؛
- المركز الوطني للبحث العلمي والتقني؛
- الجامعات ومؤسسات التعليم العالي والبحث العلمي.
على المستوى الدولي:
- يجوز للوكالة، في حدود اختصاصاتها، أن تقوم في إطار اتفاقيات التعاون المبرمة من طرف المملكة المغربية بأعمال تقييم مؤسسات التكوين والبحث العلمي الأجنبية؛
- يمكن للوكالة، بترخيص من الإدارة، أن تقوم، وفي حدود اختصاصاتها، بأعمال تقييم مؤسسات التكوين والبحث العلمي الأجنبية بطلب منها، وذلك في إطار اتفاقيات تبرمها لهذا الغرض.