شكل تقييم البحث العلمي وهياكل البحث أحد المحاور الاستراتيجية الكبرى للوكالة المغربية لتقييم وضمان جودة التعليم العالي والبحث العلمي. ورغم أن هذه المهمة مدمجة رسمياً في الهيكل التنظيمي للوكالة من خلال قسم مخصص لها، فإن تفعيلها العملي يندرج ضمن أولويات خارطة الطريق الحالية. وتشمل هذه المنظومة، التي يُرتقب أن يتم تقييمها بشكل ممنهج، نطاقاً واسعاً يضم 12 قطباً للدراسات الدكتورالية (PEDOC)، و50 مركزاً للدراسات الدكتورالية (CEDOC)، إضافة إلى 900 هيكل للبحث. وتطبيقاً لمقتضيات القانون الجديد رقم 59-24، لا سيما الباب العاشر منه، تعمل الوكالة على تفعيل القسم المذكور وعلى إعداد مرجع وطني لتقييم البحث العلمي، بتشاور وثيق مع الوزارة الوصية.